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Raperswilen liegt auf dem Seerücken nahe dem Untersee. Zur politischen Gemeinde gehören neben der Ortschaft Raperswilen die Ortsteile Fischbach, Büren und Helsighausen sowie die Weiler und Siedlungen Müllberg, Ifang, Sonnenberg, Blumenau, Wiel, Kodereuti, Waldhof, Erlengrund, Birkenhof, Neuhof und Eichhof. In Helsighausen befindet sich eine gleichnamige Glimmersandgrube, ein künstliches Geotop von nationaler Bedeutung, da sie Aufschlüsse über die Geologie und Geschichte der Region gibt.

Raperswilen hat eine Fläche von 7,67 km². Davon werden 5,1 km², bzw. 66,5 % landwirtschaftlich genutzt, weitere 2,1 km² oder 27,4 % ist Waldfläche. Die restlichen 5,2 % sind überbaut.